Nació en 1975 en una pequeña aldea Himaláyica cercana a la frontera entre el Nepal y el Tíbet. Hijo de un renombrado maestro de meditación, Tülku Urgyen Rinpoche, Mingyur Rinpoche se vio llamado por la vida contemplativa desde una temprana edad, a menudo huyendo a meditar en las cuevas que rodeaban a su aldea.
A los nueve años, Rinpoche abandonó su aldea natal para estudiar meditación con su padre en Nagi Gonpa, una pequeña ermita en las afueras del Valle de Katmandú. Por cerca de tres años, Tülku Urgyen lo guió experimentalmente en las profundas prácticas budistas del Mahamudra y Dzgochen, enseñanzas típicamente consideradas como altamente secretas y solamente pertinentes para meditadores avanzados. Durante este tiempo, su padre le impartía instrucciones esenciales para luego enviarle a meditar en soledad, proceso repetido hasta actualizar la experiencia directa de las enseñanzas.
Al cumplir los once años, Mingyur Rinpoche fue invitado a residir en el monasterio de Sherab Ling en el norte de la India, sede de Tai Situ Rinpoche y uno de los más importantes monasterios del linaje Kagyu del Budismo tibetano. Una vez ahí, estudió las enseñanzas traídas al Tíbet por el gran traductor Marpa, así como los rituales del linaje Karma Kagyu con el maestro de retiro del monasterio, Lama Tsultrim. A los doce años de edad fue formalmente reconocido y entronado como la séptima encarnación de Yongey Mingyur Rinpoche.